El conjunto oscense era un habitual de las categorías no profesionales hasta el año 2008.
A los que no siguen desde hace mucho la segunda división el Huesca puede parecerles un equipo asiduo en la categoría, ya que esta es su cuarta temporada consecutiva en la división de plata, pero esto no es así. El club oscense ha sido siempre una entidad que viajaba a caballo entre la tercera y la Segunda B, y que en el verano de 2008 logró el sueño de llegar al fútbol profesional.
En la temporada 2007/08 consiguió el ascenso a la segunda división después de tener a dos entrenadores Manolo Villanova (que a falta de unas jornadas, junto a Roberto Cabellud Lasierra, su segundo de a bordo, fue fichado por el Real Zaragoza) y Onésimo Sánchez, que certificaría el ascenso del Huesca frente al Écija Balompié en la eliminatoria final a doble partido.
Tras el ascenso de categoría, el club empezó a realizar sus primeros movimientos en la categoría de plata del fútbol español. Tras hacer algunos descartes y confirmarse la no continuidad del técnico del ascenso, Onésimo, el club contrató al que se sería su nuevo entrenador en segunda división, Antonio Calderón, y confirmaría el regreso del preparador físico Roberto Cabellud.
Debutó en la Liga Adelante frente al Castellón en El Alcoraz. El partido finalizó con empate a dos goles, los cuales fueron marcados por Rubén Castro y Roberto. Por su parte, los goles del Castellón fueron materializados por Mario Rosas. En definitiva, aunque pudo haber sido mejor, la SD Huesca inició bien su periplo en 2ª División 56 años después.
La primera victoria no tardó mucho en llegar, ya que se produjo en la tercera jornada, disputada en El Alcoraz frente a la SD Eibar ,con goles de Rubén Castro y Roberto. El primer triunfo fuera de casa en la temporada 2008/09 lo consiguió la SD Huesca al derrotar al Alicante por 1-3 en el Estadio Rico Pérez.
El equipo finalizó la primera vuelta de competición en el puesto número doce, con 29 puntos, una posición muy meritoria teniendo en cuenta de que se trataba de un recién ascendido. El 9 de mayo de 2009 se celebraría en el estadio de El Alcoraz el derby aragonés, entre la Sociedad Deportiva Huesca y el Real Zaragoza. Los socios y aficionados de la SD Huesca llevaban nada menos que desde 1951 -bajo la rúbrica de Unión Deportiva Huesca- aguardando este partido.
Tras 42 jornadas disputadas, la liga terminó con la SD Huesca en undécima posición de la Liga Adelante, con un bagaje de trece victorias, catorce empates y quince derrotas, lo que sumaban 53 puntos al finalizar el campeonato, puntuación más que digna para un recién ascendido.
La campaña 2009/10, segunda consecutiva en la Liga Adelante, el Huesca la comenzó con la marcha de un gran número de jugadores que habían conformado la plantilla el año anterior, bien porque finalizaban sus contratos con el conjunto altoaragonés, o porque terminaban los periodos de cesión y tenían que volver a sus clubes de origen.
En el aspecto deportivo, el club oscense comenzó la segunda división en el siempre complicado Martínez Valero de Elche, donde el club dirigido por Antonio Calderón se impuso por cero goles a dos a los locales, tantos conseguidos por dos de las nuevas incorporación para esta campaña, Mikel Rico y Borja Rubiato, este último de penalty.
El conjunto altoaragonés certificó su permanencia en la categoría de plata del fútbol español en la última jornada del campeonato en el partido que disputó en Balaídos contra el Celta de Vigo y que acabó con victoria oscense por cero goles a uno, obra de Mikel Rico. Así, la SD Huesca finalizó la liga en décimotercera posición con 52 puntos y un bagaje de trece victorias, dieciséis empates y catorce derrotas, con 36 goles a favor y 40 en contra.
Por tercer año seguido, en la 2010/11, la SD Huesca competiría en la división de plata del fútbol español. Esta nueva campaña se inició con la continuidad del futbolista brasileño Gilvan Gomes, que tan buen rendimiento había en la anterior temporada, y la de uno de los buque insiginia del vestuario, Luis Helguera.
Por contra, se dio un cambio de entrenador. Antonio Calderón firmaría por el Albacete, dejando su lugar a un entrenador muy querido por la afición oscense, Onésimo Sánchez, hacedor del ascenso a la división de plata años atrás.
En esa campaña, la SD Huesca firmó un convenio de colaboración con el Osasuna, por el cual llegarían a El Alcoraz tres futbolistas: Jokin Esparza -ya conocido por la afición oscense- Jorge Galán y Óscar Vega.
La SD Huesca comenzó la temporada en el Toralín empatando a 0 contra la Ponferradina, candidato claro al descenso. Los de Onésimo concluyeron la temporada en decimocuarta posición, con trece victorias, dieciséis empates y trece derrotas que suponen un total de 55 puntos, lo que suponía una vez más la permanencia del cuadro aragonés en la división de plata.
Por cuarta temporada consecutiva, en la vigente, el Huesca saldría en la segunda división, sin Onésimo Sánchez. Su segundo, Ángel Royo, debutó como primer entrenador, aunque su experiencia en el banquillo duró poco debido a la mala situación del equipo, por la que fue sustituido por el ex recreativista Quique Hernández.
En materia de fichajes, Huesca y Osasuna siempre han tenido una gran relación, llegando incluso a firmar el citado acuerdo en el verano de 2010 por el cual el club rojillo cedería a sus jugadores más prometedores a la entidad azulgrana. Durante sus cuatro años en la segunda división, nueve jugadores diferentes han viajado desde Tajonar al tierras oscenses para jugar con el Huesca, algunos de ellos en varias ocasiones, como Jokin Esparza o Echaide.
En la primera temporada del Huesca en segunda, aún sin convenio, tres jugadores se marcharon de Pamplona rumbo a Huesca: Erice, Nico Medina y Jokin Esparza, todos en calidad de cedidos. En el mercado invernal, Esparza volvería al club pamplonica, pero a cambio llegó también como préstamo el defensa Echaide.
La siguiente campaña fue la menos activa en cuanto a materia de intercambio de jugadores entre ambas entidades. Únicamente fue cedido Echaide para todo el curso 2009/10. Sin embargo, en el verano de la firma del acuerdo de colaboración, el pasado, llegaron a Huesca hasta cinco jugadores procedentes de El Tajonar: Jorge Galán, Jokin Esparza (por segunda vez), Carlos Vega, Andrés Fernández y Echaide (por tercera ocasión).
En la actual campaña, el Huesca ha fichado a tres ex osasunistas: Esparza, que finalmente se quedará en la capital oscense, al mítico central Josetxo y a Rafael Clavero, si bien éste lleva desde 2006 fuera de la entidad pamplonica. Además, también ha logrado la cesión de Ekhi.